大学的本质
大学的使命是培养人才，灵魂是学术追求，根本属性是创新。对研究型大学来说，其本质就在于把一群极具创新思维的教师和一群极具创新潜质的学生聚集在一起，让他们的创造力互相激发，产生使学生受益终身的创造能力和创新智慧。因此，大学的三大职能，教学、科研和社会服务，也都围绕着培养创新型人才这一根本使命所展开。
从历史和比较的角度来看，东西方文化中所形成的人才培养模式有着一定差异。在大约2500年前，东西方几乎同时产生了两位伟大的思想家和教育家，一位是中国的孔子，另一位是古希腊的苏格拉底。
孔子的教育方式以训导为主，通过老师作为真理的化身将知识传授给学生，并强调阅历同经验的累积，学生通过识记和终身体验从而领会感悟，达到知识的传承和进步。而苏格拉底的教育方式以沟通、交流和辩论为主，通过质疑和辩驳对已有的知识进行探讨和挑战，并鼓励学生运用自己的智慧对现实的道德认识和行为进行审查，从而在讨论的气氛中减少思想上的束缚并活跃思维。
孔子和苏格拉底两人均广授门徒，但教育理念和培养方法却大有不同，因此也逐步形成了东西方各具特色的育人理念、模式和方法，并且也对如今的教育有着极大影响。在教育目的上，东方强调的是广泛的修养和广学博识，而西方则着重理性的启蒙和掌握科学的方法；从知识观来讲，东方强调先贤圣人的经验和传统，而西方主要是讲究寻求真理；从教学观看，东方主要着重强调的是传承知识，而西方强调探究知识；从教学方法讲，东方主要以讲授为主，而西方是以思辨为主；从学术态度来讲，东方习惯于尊重学术权威，而西方则鼓励挑战学术权威。
如今，人类社会已进入信息化和全球化的时代，随着科学技术发展的日新月异，知识更新与老化的速度也在不断加快。同时，随着互联网技术的蓬勃发展，信息获取手段与渠道的多样化也使得知识获取变得更加便捷，传统的教育体系和理念难以适应我国经济社会快速发展的需要。
因此，从最初东西方文化的差别着眼，加上如今的科技进步给人类带来的挑战，对于大学的教育理念也需要新的考量。从过去单纯知识传授的基础上，注重培养学生对于知识的整合能力、交流沟通的能力以及创新能力，其中最重要的就是培养创新能力，即培养学生提出问题、发现问题和系统解决问题的能力。
“三位一体”的育人理念
通过对于教学理念的反思与讨论，围绕着如何建立与完善研究型大学的创新人才培养体系，上海交通大学从2007年起启动了新一轮教育教学思想大讨论，形成了“三位一体”的人才培养理念，其核心是能力建设、基础是知识探究、根本是人格养成。
具体来看，在能力建设方面，着重培养学生提出、分析和解决问题的能力，批判性思维和独立工作的能力，准确表达思想的多种语言应用能力，与不同类型的人合作共事、沟通和组织管理的能力，以及终身自我学习的能力。
知识探究，不同于知识灌输，强调师生平等交流互动，共同探究知识，包括专业核心基础知识，解决前沿问题方法入门知识，人文、历史、艺术基础知识以及哲学和社会科学的基础知识。
人格养成，是目前大学阶段最为重要却也相对薄弱的方面，因为大学是学生人生成长过程中最后的一个可以进行人格熏陶和德行养成的阶段。我们要培养学生志存高远、意志坚强的精神，并以传承文明、探求真理、振兴中华、造福人类为己任，矢志不渝；要培养学生刻苦务实、精勤进取的精神，脚踏实地，不慕虚名，勤奋努力，追求卓越；要培养学生和谐的身心和开阔的视野，使学生具有良好的身体和心理素质，对多元文化的包容心态和宽阔的国际化视野；要鼓励学生的创新思维，勤于思考，善于钻研，对于推陈出新怀有浓厚的兴趣，富有大胆假设、小心求证的科学探索精神。
“三位一体”的目标体系强调以学生为中心，将过去以老师为中心的知识传授或知识灌输，转变为如今以学生为主体的能力建设、知识探究和人格养成。要实现这个目标，就必须通过教学与科研相结合，科学与人文相结合，课内与课外相结合，从而建立起贯穿大学整个阶段的实践体系。
人才培养方案是学校办学思想、培养模式和培养目标的具体体现，是组织和管理教育教学过程的主要依据，也是对教育教学质量进行监控和评价的基础性文件。因此，只有在培养方案中落实“三位一体”的人才培养理念，才有可能培养出能够适应甚至能够引领时代发展的杰出人才。
拔尖人才培养特区的建设
在“三位一体”的培养理念基础上，并结合国家“基础学科拔尖学生培养试验计划”，上海交通大学于2008年新成立了一个培养创新型领袖人才的特区——致远学院。
致远学院设有数理科学班、生命科学班，将来还会设立信息科学班、化学科学班，每个班级招收30人。通过小班教学并且配备国际一流水平的师资所建立起来的并不仅是传统意义上的尖子班，而是针对未来科技发展需要设计的特殊培养系统。
在这个特殊培养系统中具体落实了“三位一体”的人才培养理念。致远学院的培养计划由海内外著名教授组成教学指导委员会主导，根据目前国内外最新的教学实践经验制定，内容包括课堂教学的重新设计，并增设了讨论课、研究课题和暑期研讨。具体在数理科学班中着眼数理贯通能力，在化学科学班中强调与相关学科交叉和实践能力，在生命科学班中强调同理工科的结合，在信息科学班中注重信息科学与数理交叉，运用新的面向研究的教学思想与方法，让学生尽快从被动应试和竞赛导向转向主动思考和研究导向。
致远学院的目标是致力于培养出具有扎实数理基础、人文情怀和创新思维的未来科技领袖，着重培养学生数学的严密和抽象的思维能力、物理的直觉和分析归纳能力，着眼于能力培养，即提出问题的能力、解决问题的能力、知识整合的能力、交流和沟通的能力。致远学院的培养目标是：毕业生能够达到国际一流大学前5％学生的水准，10年后有20%毕业生能够在国际一流大学任教或顶级研究机构的重要岗位上从事科学研究，20年后有若干学生成为国际学术大师。
大学是一个知识储存、知识传播和知识创造的场所，大学的本质从培养创新人才出发。因此，作为中国高水平研究型大学的代表，上海交通大学将培养创新型领袖人才作为使命，在理论和实践上探索建立创新人才培养体制，并在交通大学校名所蕴涵的“天地交而万物通，上下交而其志同”的大学文化中加快建设世界一流大学的步伐。